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下定决心从事清史研究后，阎崇年以康熙作为切入口，但始终感觉不得要领，对八旗制度、满族的基本问题搞不清楚。在迷茫中，阎崇年请教史学家白寿彝，被告知要从根源上入手，于是他就去研究清朝开国历史，由此走上了研究努尔哈赤的道路。接下来二十年，阎崇年全身心投入，穷尽了明清及朝鲜日本的相关材料，花费二十年心血写成《努尔哈赤传》，在清史研究领域奠定了自己的学术地位。

20世纪80年代初，在北京市社科院历史研究所工作的阎崇年需要撰写北京史的相关论文。他结合自己对清朝开国史的积累，选定袁崇焕作为研究对象。因为袁崇焕刚好处于明史、清史和北京史的交叉领域，便于他在已有基础上开展研究。阎崇年表示，此后他的许多研究都是立足这一交叉领域，譬如关于明清皇帝的研究、故宫的研究、满族文化的研究等等，2023年由三联书店出版的《阎崇年史学论集》就包含了明史、清史、故宫史、北京史、满学五大领域97篇文章。

阎崇年把对待事业的态度归纳为“敬、诚、淡、静”四个字，而“敬”排在第一位，“敬就是爱，如果不如此对待自己的专业，就不能入其门”；第二是“诚”，历史就是要求真，而“诚”是求真的基础；第三是“淡”，要淡泊名利，才能成为一个领域的专家；最后是“静”，只有“静”，才能把一个领域做长久。他鼓励年轻人要静下心做事，经过数十年的积累，再笨也会做出一点成绩，“各行各业都是这样”。